検索対象データベースの一覧

・各データベースのエントリは、付記の方法でUniProt IDなどの蛋白質IDと紐づけられています。

・さらに各種蛋白質ファミリーと紐づけるために、UniProt IDをUniProt Family表UniProt ID Mapping表SwissPfam対応表iProClass ID Mapping表に照合しています。



AT Atlas - ターゲットタンパク研究プログラムの生産・解析・制御の成果概要図

収録データ数: 15

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


Autophagy Database - オートファジー関連蛋白やそのホモログの構造や機能、文献情報

収録データ数: 52021

最終更新日: 2017/11/12

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


BMRB - 生体高分子のNMRデータのデータベース

収録データ数: 11875

最終更新日: 2017/11/21

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与 エントリ中にUniProt IDがない場合は、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


ConfC - 蛋白質構造変化部位データベース

収録データ数: 3581

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


DB-SPIRE - PDBエントリに含まれる配列モチーフのデータベース

収録データ数: 60004

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


eF-site - 静電ポテンシャルなど分子表面物性のデータベース

収録データ数: 130398

最終更新日: 2017/11/20

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


EM Navigator - 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データ

収録データ数: 7377

最終更新日: 2017/11/07

・PDB由来のエントリ データベース中のUniProt IDとPDBIDを抽出し、そのままエントリに付与 ・EMDB由来のエントリ データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


eProtS - 蛋白質構造百科事典

収録データ数: 715

最終更新日: 2017/11/07

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


eSOL - 大腸菌の全蛋白質を無細胞系で合成した際の可溶率と合成量のデータベース

収録データ数: 4132

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のJWIDを抽出し、UniProtのgene nameにJWIDが含まれるUniProt IDを抽出し、エントリに付与


EzCatDB - 酵素の立体構造等に基づいた触媒機構分類データベース

収録データ数: 878

最終更新日: 2016/09/15

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


Gallery of Biomolecules - 分子構造の画像データベース

収録データ数: 1203

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


Gene Wiki - Wikipedia中の遺伝子・蛋白質ページ

収録データ数: 11820

最終更新日: 2017/11/12

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


GenoBase - 大腸菌K-12の遺伝子と蛋白質の統合データベース

収録データ数: 62456

最終更新日: 2015/03/31

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


GLIDA - GPCR-リガンド相互作用データベース

収録データ数: 23429

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


GlycoEpitope - 糖鎖抗原データベース

収録データ数: 174

最終更新日: 2017/11/14

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


Genome Network Platform - 発現プロファイルや蛋白間相互作用などをまとめたヒト遺伝子統合データベース

収録データ数: 60334

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


HATODAS2 - 蛋白質の重原子化実験データベース

収録データ数: 434

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


Het-PDB Navi - PDB中の低分子-高分子相互作用データベース

収録データ数: 158301

最終更新日: 2017/11/12

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


HINTdb - 実験的に得られた蛋白間相互作用のデータベース

収録データ数: 176983

最終更新日: 2015/9/12

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


HitPredict - ハイスループットデータから予測された蛋白間相互作用のデータベース

収録データ数: 154539

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


HSG database - ヒト唾液腺腺癌細胞蛋白質の2次元電気泳動

収録データ数: 802

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のSwiss-ProtID(UniProt ID)を抽出し、そのままエントリに付与


Hepatitis Virus DataBase - 肝炎ウイルスの配列データベース

収録データ数: 5

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のGenBank:ACを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合し、UniProt ID、UniRef50を取得し付与


KEGG GENES - ゲノムが解読された生物の遺伝子カタログ

収録データ数: 26480

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


Molecule of the Month - Goodsell博士による毎月のPDB中の立体構造の解説

収録データ数: 430

最終更新日: 2017/11/14

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


Neuraminidase Structure DB - インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼの構造予測データベース

収録データ数: 1603

最終更新日: 2015/03/31

データベース中のUniProt ID、GenBankAC、PDBID、refseqID、PIR-PSDのいずれかを抽出し、UniProt ID以外は、UniProt ID Mapping表に照合し、UniProt ID、UniRef50を取得し付与


OLIGAMI - 蛋白質のオリゴマー構造のデータベース

収録データ数: 103223

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


PDBj - 日本蛋白質構造データバンク

収録データ数: 135359

最終更新日: 2017/11/23

• データベースダウンロードページよりダウンロードしたXMLファイルより、UniProt ID、PDBIDを取得し、付与


PDBSTR - PDB中の蛋白質・核酸を鎖ごとに編成しなおした配列・立体構造データベース

収録データ数: 399710

最終更新日: 2017/11/05

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


PDBWiki - コミュニティによるPDBエントリへの注釈の知識ベース

収録データ数: 75029

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


PGDBj - ゲノム情報に基づく植物データベースの統合

収録データ数: 972476

最終更新日: 2015/03/31

データベース中のRefSeqIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


PGE - マウス胚の遺伝子発現パターンデータベース

収録データ数: 884

最終更新日: 2015/09/19

データ一覧のGenBank:ACを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合し、UniProt ID、UniRef50を取得し付与


iProClass(ただし15種に限定) - 多数のリンクを含む蛋白質統合データベース

収録データ数: 469182

最終更新日: 2017/11/16

FTPサイトよりダウンロードした15種の生物種(シロイヌナズナ、炭疽菌、ゼブラフィッシュ、枯草菌、線虫、ショウジョウバエ、大腸菌、ヒト、好熱性古細菌3種、マウス、酵母3種)のXMLファイルより、UniProt ID、PDBID、PIRSF ID、PFAM ID、UniRef50を取得し、付与


PiSITE - 蛋白質の相互作用部位データベース

収録データ数: 109940

最終更新日: 2015/03/31

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合>しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


Protein Mutant Database - 蛋白質変異データベース

収録データ数: 45239

最終更新日: 2015/09/24

• データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


PDBePISA - 分子間接触面と推定4次構造のデータベース

収録データ数: 89243

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


PREIMS - ターゲットタンパク研究プログラムで開発された実験プロトコル集

収録データ数: 374

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


ProMode (ただしProMode Elasticに限定)- 蛋白質の基準振動解析データベース

収録データ数: 103529

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


ProNIT - 蛋白質-核酸相互作用の熱力学データベース

収録データ数: 12221

最終更新日: 2017/09/26

データベース中のSwiss-ProtID(UniProt ID)とPDBIDを抽出し、そのままエントリに付与


Protein Globe - 球面上の距離で構造類似性を表現した蛋白質の世界

収録データ数: 78992

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


Proteopedia - 蛋白質などの分子の3次元百科事典

収録データ数: 135060

最終更新日: 2017/11/23

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


ProTherm - 蛋白質と変異体の熱力学データベース

収録データ数: 25823

最終更新日: 2017/09/13

データベース中のSwiss-ProtID(UniProt ID)とPDBIDを抽出し、そのままエントリに付与


Rice Proteome Database - イネの組織やオルガネラの2次元電気泳動

収録データ数: 14452

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のGenBank:ACを抽出し、UniProt ID Mapping表と「NCBI TaxonID」=39947(Oryza sativa Japonica Group)と4530(Oryza sativa Group)の条件で照合し、UniProt ID、UniRef50を取得し付与


RPSD - イネ蛋白質構造データベース

収録データ数: 358

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


TMIG-2DPAGE Proteome Database - ヒト由来培養細胞の二次元電気泳動画像で同定されたタンパク質の情報

収録データ数: 525

最終更新日: 2015/03/31

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


TMPDB - 実験結果に基づく302の膜貫通トポロジーデータベース

収録データ数: 302

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


TP Atlas - ターゲットタンパク研究プログラムの各課題の対象のネットワーク図

収録データ数: 35

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のUniProt IDを抽出し、そのままエントリに付与


TP構造ギャラリー - ターゲットタンパク研究プログラムで決定された立体構造の画像集

収録データ数: 462

最終更新日: 2017/11/05

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


TPプレスリリース - ターゲットタンパク研究プログラムのプレスリリース集

収録データ数: 82

最終更新日: 2015/09/19

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


UniProt/Swiss-Prot - 詳細な注釈がついた蛋白質統合データベース

収録データ数: 556006

最終更新日: 2017/11/20

FTPサイトよりダウンロードしたSwiss-ProtのtextファイルよりUniProt ID、UniProt Familyを取得し付与


VIPERdb - 正二十面体型ウイルスの構造データベース

収録データ数: 631

最終更新日: 2017/11/06

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与


万見(yorodumi) - PDBや電顕の3次元構造を気軽に楽しむウェブページ

収録データ数: 135266

最終更新日: 2017/11/23

データベース中のPDBIDを抽出し、UniProt ID Mapping表に照合しUniProt ID、UniRef50を取得し付与